I. Namiesto misie na Východe, misia v spovedeľnici
Na jeseň roku 1888 už pôsobil v kláštore Najsvätejšieho vykupiteľa v Benátkach v blízkosti ostrova Guidecca. Tu bol dňa 20. septembra 1890 s mnohými inými mladými mužmi vysvätený kardinálom Domenicom Agostinim za kňaza v nádhernej Bazilike Santa Maria della Salute. Prvú sv. omšu mal medzi spolubratmi - rodičia a súrodenci sa nemohli zúčastniť. Iba na diaľku im poslal novokňazské požehnanie a pamätal na nich v primičnej sv. omši.
Basilica di Santa Maria della Salute
Po vysvätení za kňaza požiadal svojich predstavených, aby ho vyslali ako misionára na Východ, dostal však odmietavú odpoveď. Napriek dlhodobému tréningu totiž stále v čase emočného vypätia silne koktal. Žiadosť o vyslanie na Východ zopakoval niekoľkokrát, no jeho predstavení opätovne jeho žiadosti odmietli. Stiahol sa teda do poslušného ticha, zintenzívnil modlitby za jednotu Cirkvi a začal svoju duchovnú silu a lásku zameriavať na spovedeľnicu a Eucharistiu, ktoré sa stali nakoniec stredobodom jeho duchovného života. Uvedomil si, že spovedelnica je podstatne dôležitejšia, ako jeho čiastočne romantické predstavy o návrate pravoslávnych veriacich do lona katolíckej Cirkvi. Omše a služba hriešnikom sa tak stali základom jeho kňazského pôsobenia a poslania. Svoj postoj vyjadril slovami: “Musíme vnímať Boží plán a musíme byť neustále pripravení k práci, odpočinieme si nakoniec až v Raji. Božia múdrosť, ktorá všetko usporadúva s pevnosťou a miernosťou nakoniec zariadi, aby sa východní veriaci vrátili ku katolíckej jednote. Som povolaný k záchrane svojho slovanského ľudu, no predovšetkým som povolaný k záchrane duší prostredníctvom služby Sviatosti Pokánia.”
V Benátkach a okolí strávil sv. Bohdan Leopold Mandič takmer 7 rokov svojho kňazského života. Nasledoval 3 ročný pobyt v Zare a 5 rokov pôsobenia v Bassane, kde nielen spovedal, ale prehlboval aj svoje teologické vedomosti. Stal sa odborníkom na život a dielo sv. Augustína a sv. Tomáša Aquinského. Následne bol v roku 1905 poslaný ako miestny vikár do konventu v Capodistrie a 3 roky pôsobil vo Vicenze pri mariánskom pútnickom kostole Montolmo, kde sa rozvinula jeho mariánska úcta. Od roku 1907 participoval na duchovnom vzdelávaní františkánskych terciárov. O bratovi Bohdanovi Leopoldovi Mandičovi bolo známe, že obzvlášť rád pomáhal matkám a malým deťom, zriaďoval sirotince pre opustené deti a mal hlbokú úctu a oddanosť k Panne Márii. Každý deň sa s láskou modlil modlitbu sv. Ruženca, navštevoval chorých veriacich a aj kapucínskych spolubratov a povzbudzoval ich v chorobe.
