I. Výstavba kostola
Projekt kostola navrhol matematik a stavebný inžinier, teatín Guarino Guarini z Modeny, ktorý sa podieľal ako architekt a inžinier na výstavbe aj tak významných stavieb ako napríklad kostol San Lorenzo v Turíne, známy palác Mirafiori v Turíne, Palazzo Carignano, Collegia dei Nobili v Turíne, kostol Santissima Annunziata v Messine, kostol Sainte Anne la Royale v Paríži, Santa Maria della Divina Provvidenza da Lisabon v Portugalsku a mnohých iných stavieb. Po Guariniho smrti pokračoali vo výstavbe pražského chrámu architekti Giovanni Domenico Orsi, Jean Baptist Mathey a Jan Santini Aichel.
Guarino Guarini svojou tvorbou ovplyvnil aj významného pražského architekta vrcholného baroka Kiliána Ignnáca Dientzenhofera (1689 – 1751), ktorý je autorom návrhu konventu s prelatúrou benediktínskeho kláštora v Břevnove, kostola sv. Jána Nepomuckého a kláštora voršiliek na Hradčanoch. Dietzenhofer riadil napríklad výstavbu hlavneho priečelia Lorety, barokovú prestavbu kostola sv. Tomáša na Malej Strane, výstavbu kostola sv. Cyrila a Metoda na dnešnej Resslovej ulici, stavbu kostola sv. Bartolomeja na Bartolomejskej ulici.
Kostol Panny Márie Matky Ustavičnej Pomoci a sv. Kajetána v Prahe sa nestaval ľahko, teatíni narážali na komplikácie súvisace s búraním Strahovskej brány, výstavbu blokovali aj pražské úrady. Základný kameň kostola položil v roku 1691 pražský arcibiskup gróf Ján Fridrich z Valdštejna, kostol dokončili v roku 1717, kedy ho vysvätil pražský biskup a neskorší arcibiskup Daniel Josef Mayer z Mayemu. Kláštor, ktorý sa dodnes pri kostole nachádza, slúžil k výchove šľachtických synov.
Rakúsky cisár Jozef II., syn zbožnej Márie Terézie chcel v rámci svojich antikatolíckych jozefínskych reforiem v roku 1789 chrám zbúrať, našťastie sa však tento jeho plán nepodarilo uskutočniť. Kostol a kláštor ostali stáť a od roku 1869 patril kláštor a kostol pod správu pražských redemptoristov.
Redemptoristi pôsobili v kostole a kláštore až do vypuknutia Akcie K v apríli 1950, kedy komunistická polícia a Ľudové milície kostol a kláštor obsadili a rehoľníkov z Prahy odvliekli a mnohých uväznili. V roku 2004 bol kostol opäť vrátený redemptoristom a v rokoch 2018 – 2021 dočasne chrám spravovali členovia Vojenského a špitálneho rádu sv. Lazara Jeruzalemského. Lazaristi obnovili historickú výzdobu kostola a vďaka nim sa opäť začali v chráme sláviť pravidelne Sväté omše. Od augusta 2021 je kostol v správe Arcidiecźnej charity v Prahe a omše sa slúžia len v nedeľu a utorok.