III. Bočné oltáre
Bočný oltár Panny Márie Matky Ustavičnej Pomoci
Nachádza sa na ľavej strane vedľa sakristie. Výstavbu otára financoval Hieronym, gróf Colloredo – Waldsee spolu so svojou manželkou Johanou Carlottou Karolínou, grófkou z Vchynic a Tetova. Barokový obraz namaľoval Jan Valeria Callot, po stranách oltára sa nachádzajú sošky sv. Víta a Václava. Vo výklenkoch oltára sú sochy sv. Ignáca a sv. Vojtecha. Po príchode redemptoristov bola nad Svätostánkom umiestnená ikona Panny Márie, Matky Ustavičnej pomoci. Túto ikonu slávnostne korunoval v roku 1880 Mons. Karel Průcha, svätiaci biskup pražskej arcidiecézy. Súčasťou uvedeného oltára je takmer 60 ďalších relikvií svätcov. Nad oltárom sa nachádza obraz sv. Ondreja Avellinského a sv. Filipa Neri.
Bočný oltár Svätej rodiny Nazaretskej
Vznik tohto oltáru finacovala šľachtická rodina Icking z Vestfálska, hlavný obraz Svätej rodiny namaľoval Michael Václav Halbax v rokoch 1706-1707. Sochy pri oltári predstavujú sv. Joachima a sv. Jána Krstiteľa, po stranách sú sochy sv. Karola Boromejského a sv. Augustína. Do roku 2021 sa tu nachádzala aj socha sv. Alfonsa Maria z Ligouri, zakladateľa redemptoristov, z oltára na konci 90 rokov ukradli vzácny relikviár.
Bočný oltár sv. Kajetána z Tiene a obraz sv. Gerarda Majellu - zdroj: wikimedia commons
Bočný oltár sv. Kajetána z Tiene a obraz sv. Gerarda Majellu
Tento bočný oltár je zasvätený zakladateľovi teatínov sv. Kajetánovi z Tiene. Výstavbu oltára financovala Maria Adela, grófka z Thun- Honehsteinu. Na oltárnom obraze sa nachádza zjavenie sv. Kríža sv. Kajetánovi, autorom obrazu je Johann Michael Rothmayer. Súčasťou oltára je motív Božieho oka, okolo oltára boli pôvodne vyobrazené výjavy zo života sv. Kajetána z Tiene, tie sa stratili v polovici 20.storočia. V súčastnej dobe sa tu nachádzajú obrazy sv. Ludmily, sv. Cyrila a Metoda, sv. Anežky Českej, sv. Františka z Assisi a sv. Terezky od Ježiša. Obraz sv. Gerarda Majellu sa na oltári vystavil v roku 1895. Obraz sa tešil veľkej úcte, kult sv. Gerarda Majellu bol nesmierne živý až do Akcie K v roku 1950. V rokoch 1950 – 1989 bol kostol pod správou farnosti sv. Tomáša a ŠTB dbala, aby bol kostol takmer stále uzavretý, takže úcta a povedomie o chráme sa postupne s vymieraním staršej generácie strácali.
Bočný oltár sv. Klementa Maria Hofbauera
Posledným z bočných oltárov je oltár sv. Klementa Maria Hofbauera. Súčasná podoba oltára má neorokokovú podobu. Autorom oltárneho obrazu sv. Klementa bol maliar Josef Mathauser, obraz vznikol pri príležitosti blahorečenia sv. Klementa Maria Hofbauera v roku 1889. Súčasťou oltára je aj socha sv. Václava, pod oltárnym obrazom sa nachádza socha sv. Júdu Tadeáša. Varhany v kostole vyrobil a inštaloval známy pražský varhanár Emanuel Šimon Peter, pôvodné barokové varhany sa nachádzajú dnes v kostole sv. Klimenta v Odolenej Vode. Autorom súčasnej kazateľne je Richard Jiří Prachnner, pôvodnú kazateľnu v čase slobodomurársko-protikatolíckeho besnenia cisára Jozefa II. previezli do kostola sv. Mikuláša v Českých Budějoviciach. V kostole sa nachádza hrobka bratov - teatínov ako aj niektorých donorov rádu, ktorí participovali finančne na výstavbe chrámu.
